Instalacion sobre una ya existente

Hola,

tuve un problema con la PC que no me dejaba entrar a
Windows, pero mi desesperacion fue que iria a perder
todas mis carpetas y archivos, entonces puse el CD de
Windows y le mande isntalar arriba, de ese modo al menos
iba a poder recuperar mis archivos y carpetas pero aqui
vienen mis dudas:

1. Cuando instale Windows de nuevo me mando crear otra
carpeta que no tuviese el nombre Windows, la cree y luego
vi que tenia dos carpetas, la vieja de antes Windows y la
Winnew, por que motivo me manda crear otra carpeta?.

2. Pese a la advertencia de que perderia todos mis
archivos que estuvisen en Mis Documentos, luego cuando
entre en documents and settings vi que estaba la carpeta
documentos de Isabel y que alli estaban todos mis
archivos!!!, pero en la carpeta Mis Documentos que esta
abajo de escritorio no habia nada, me resulta dificil
comprender esto, si me lo pueden aclarar

3. Que seria la carpeta Windows?.

Alguien conoce algun sitio donde pueda encontrar
informacion mas amplia sobre esto?

Gracias por la ayuda y muchos saludos