Instalar tras minicatástrofe en particiones.

Con motivo de la instalación de Linux junto con XP SP2 en mi PC tuve un
problema con las particiones del disco duro.
El proceso ha sido muy largo y penoso, por lo que no me voy a extender. El
caso es que ayer, tratando de formatear y devolver a C las particiones que
había creado para Linux, a mitad de proceso se quedó todo parado. Estaba
utilizando Paragon Partition Manager y, a pesar de que no debía hacerlo,
apagué el ordenador, ya que no iba ni adelante ni atrás, ni respondía
ninguna
tecla.
Total, que al arrancar, me pide el CD de recuperación. Como lo tengo, ya
que
mi XP es original, traté de reparar para no perder datos. Lo intenté
varias,
veces, sin éxito y la única opción que me queda es instalar de nuevo.
Reinstalé Linux para poder comprobar el PC y he visto que no se han
perdido
datos. Están todas las carpetas, programas, etc.
Con el gestor de arranque de Linux arranco Windows y me sale la pantalla
de
carga con la barra verde, de antes del SP2, y me dice que meta el CD para
instalarlo. Mi pregunta es: si instalo, ¿conserva los programas y carpetas
o
borra todo y empieza de cero?
Si sólo reinstala XP lo podré hacer en casa. Si no, tendré que llevarlo al
hospital para que me salven los datos.
Gracias.