Monitorizar aplicación (registro, acciones etc)

Me interesa monitorizar una determinada aplicación de cara a registrar
cualquier modificación o consulta del registro o del sistema de ficheros.
El
objetivo de esto es controlar que hacen en la instalacion ciertos
programas,
hasta ahora alguna vez lo he hecho con el regmon, el filemon y usando
filtros, pero supongo que haya aplicaciones más orientadas a esto y que
integren ambas funciones.

Otra aplicación podria ser el crear un paquete ejecutable, que tuviera
guardado todos los pasos y modificaciones que se hicieron en su
instalación
(algo asi creo que hacen con algunas aplicaciones a la hora de meterlas en
win pe, barte pe y demas cd de estos) de cara a volver hacia atras o
reproducir las acciones en ocasiones futuras.

La razones para buscar esto son que no soy partidario de tener muchas
aplicaciones en un servidor y en cambio hay ciertos servicio/aplicaciones
que pueden necesitarse cada x meses pero a la vez no me gusta que esten
ahi
instaladas de continuo, ni tener que desisntalarlas a mano (cuando no
tengo
el control sobre todo lo que modificaron y lo que pueden no haber borrado
tras su desistalación.