NTFS

Descripción del problema: Vamos a ver por motivos de un
virus he tenido que formatear el equipo y meter otra vez
el sistema operativo Windows XP.
Resulta que mi ordenador posee dos discos duros de 20 Gb
y cuando empiezo la instalacion del sistema operativo me
da la opcion de elegir donde instalarlo y luego la de
formatear y pasar el sistema de archivo de FAT 32 a NTFS
una vez finalizada la instalacion inicio windows y
resulta que observo que tengo un disco duro (donde esta
Windows XP) en formato de NTFS y el otro disco duro esta
en FAT 32 mi consulta es que desearia saber como puedo
hacer que los dos discos duros esten en NTFS bien desde
windows una vez instalado o durante la instalacion del
sistema operativo.Preferiria que fuera desde la
instalacion del sistema operativo ya hago instalacion
limpia y si no se puede pues haber si me ayudais a
cambiarlo.
Gracias por la atencion