NTFS y FAT32

Hola
Resulta que tengo 2 HD. Recientemente se me produjo un
error en el sistema que me frizo la maquina y luego solo
tuve q reiniciarla. El caso es q cuando la reinicie no me
arranco con ninguno de los 2 discos donte tenia instalado
el Win Xp Home edition. Me aparecia un mensaje como q
faltaba una dll y que la reinstalara. El caso es que solo
la podia instalar si reinstalaba el XP completo. Asi q me
puse a instalarlo, con la sorpresa q en el proceso
inicial de copiado de archivos , previo a la instalacion,
llegaba al 98% y no me dejaba copiar mas. Pense q estaba
dañado el CD de instalacion asi q pedi otro prestado y lo
mismo. Asi que despues de probar un montod de veces me
canse y dije voy a instalar Linux.(Red Hat). Lo instale y
solo digo esto por el problema q tengo ahora. Lo instale
en el C: y al otro disco ,el D: , lo exclui de esa
instalacion para q me quedara toda la info q tenia dentro
intacta. El caso q ahora volvi a instalar windows, en el
C: borrando y desinstalando el linux, pero solo me dejo
formateando el C: en Fat32. Entonces aqui vienen los
problemas:
El primero es que me tarda muchisimo en arrancar la
maquina.
Y el 2do problema es que no puedo acceder al disco D:
porque me pide que lo formatee.
Asi que me baje un programa para ver que tipo de formato
tenia actualmente ese disco y aparentemente tiene algo q
lo identifica con linux. pero no lo formatee para linux.
A ver si alguien me puede ayudar.
Desde ya muchas gracias y espero haber sido lo mas claro
posible. Si necesitan preguntarme algo, aganlo por favor.
Gracias