Políticas de Grupo.

Hola a todos, estoy desarrollando un pequeño script que almacena varios
parámetros en HKLM\Software\Empresa\Aplicacion. También quiero controlar
estos valores utilizando las políticas de grupo del directorio activo pero
según la documentación que he leido las plantillas que defina deberían
modificar valores de la rama HKLM\Software\Polices\Empresa\Aplicacion. Mi
problema es que no se como sincronizar ambar ramas del registro.
¿Debería el script encargarse de realizar esta sincronización?
¿Existe alguna API, o algo parecido, que la realice?
¿Debería olvidarme de la primera clave y utilizar la segunda para
almacenar los datos que se controlan mediante las políticas?
¿Se hace de otra forma?

Saludos y gracias.