Problema con la asignacion de unidades (letra) en instalacion nuev

Tengo dos discos duros uno de 160 GB. y el otro de 40 GB., grabadora y dvd.
El problema es que instalo W. XP Pro. en el disco de 160 GB y me asigna la
letra de unidad d: y en el otro disco duro de 40gb que lo tengo dividido en
dos particiones de 20gb cada una, me asigna la letra de unidad C: y E:

Disco duro 160 GB - D:
Disco duro 40 GB -20 GB -C:
20 GB- E.
DVD-- F:
DVD.RW - G:

El problema es que al instalar Win XP Pro. me instala archivos de inicio y
de sistema en la primera partición del disco de 40 (C) en vez de instalar
todo en el disco de 160 (D), aunque Windows si se instala en el disco de 160
(D). He intentado cambiar el orden y la asignación de letra de unidad desde
Administración de Discos pero no me deja, dice que en el disco de 160 ósea D:
es de inicio y la partición del de 40 ósea C: de Sistema.

Creo que el problema radica en la configuración de los discos en la placa,
lo tengo como sigue:
Primario IDE Master: Grabadora DVD-RW
Secundario IDE Esclavo: Nada
Secundario IDE Master : Disco duro de 40 GB. (20+20)
Secundario IDE esclavo : DVD
External Phy SATA 1 : Disco duro 160 GB

Si esta configuración esta mal y es la causa del problema me gustaría que me
echarais una mano a ponerla correctamente, o si el problema es otro que me
ayudaseis a solucionarlo.
Gracias anticipadas